Si instalaste la última versión de java (1.6.0_01) y ocupas Gnome verás que ahora los archivos *.zip figuran como archivos java y al intentar abrirlos obviamente se produce un error. Esto es un bug de java.

Para solucionarlo, busca los archivos x-java-archive.xml

# locate x-java-archive.xml

y elimina o comenta las líneas que dicen:
<magic priority="85">
<match type="string" value="PK\003\004" offset="0">
match type="host16" value="0xcafe" offset="40" />
</match>
</magic>

Finalmente actualiza la base de datos de mime-types:

# update-mime-database /usr/share/mime/

y cierra e inicia la sesión de gnome.